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农村自建房一般不能按层购买，需整体交易。
分析：从法律角度看，农村自建房通常基于集体土地建设，其产权和交易受到严格限制。按层购买不仅涉及产权分割的复杂问题，还可能违反土地管理法和相关房地产交易规定。此外，这种交易方式也难以保障买方的合法权益。
提醒：若遇到卖方坚持分层出售或交易过程中出现产权不明晰、合同不规范等问题，表明情况可能比较严重，应及时咨询专业律师。
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处理方式：
从法律角度，农村自建房交易需遵循整体性原则，常见的处理方式有两种：一是通过正规渠道购买整栋房屋，确保产权清晰、合法；二是与卖方协商，通过合法途径将土地性质变更为可交易性质（如转为国有土地），再进行整体交易。
选择建议：若追求合法性和安全性，应选择第一种方式；若对土地性质变更有所了解，且能承担相应成本和风险，可考虑第二种方式，但需谨慎操作。
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具体操作：
1. 若选择购买整栋房屋，应确保卖方拥有完整的土地使用权证和房产证，签订正规购房合同，并办理过户手续。
2. 若考虑土地性质变更，需先了解当地土地管理政策和规定，与卖方共同向相关部门申请土地性质变更，待批准后再进行整体交易。在此过程中，应密切关注政策变化，确保交易合法合规。
3. 在任何情况下，都应咨询专业律师或房地产中介，了解交易细节和潜在风险，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。同时，保留好所有交易文件和证据，以备不时之需。
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